речь о конкретных направлениях, я так понимаю(ДС пишет, что в Новомосковск так добраться удобнее, но вот тем, кто живет на о.п. и в деревнях вдоль ЖД — маршрутка фиолетово, для них именно нужен пригородный поезд), хотя допускаю, что в целом по стране такая тенденция давно наметилась, и выделить одну причину у этого тяжело.
Тем не менее, по себе могу сказать, что, например, в мск езжу в основном маршрутками, с новопостроенным Доном это стало гораздо удобнее и быстрее, при этом стараюсь избегать М-2. В то же время зимой я предпочитаю поезд, спокойнее и надежнее, пусть и дороже почти в два раза.
ЗЫ недавно ездил через Тулу, из мск ехал утром на Ласточке до Тулы(ходит она до Орла с остановками в Серпухове, Туле, Мценске), я был неприятно удивлён, — обычная европейская пригородная собака, которая пускается максимум на расстояние в 1.5-2 часа ходу, у нас продаётся как инновационный экспресс с покупкой билетов в кассе как для ПДС по паспорту, не знаю как те, кто едет на ней в Орёл, но два часа до Тулы — это край, компоновка салона и сиденья не предназначены для таких долгих поездок. стоит 677р, — единственный плюс, на мой взгляд, — время отправления из мск, во время движения она разгонялась где-то до 134км/ч(по табло в салоне), но это в плюс не ставлю, так как в этом нет ничего особенно — это нормальная скорость движения большинства жд дорог в мире. Обратно поехал в сидячке на дневном скором из Белгорода. Сидячка стоила чуть больше 400р, идёт на 10 минут быстрее(видимо за счет отсутствия остановки в Серпухове), обычный сидячий вагон мне показался гораздо более удобным ласточки, на удивление почти все места были заняты

Но согласитесь, что большинство препочитает автотранспорт, потому что он более быстрый, чем ж/д, ну и подешевле

Повторюсь большинства ни какого нет по этому маршруту.
Вообще тенденция предпочтения того или иного транспорта у народа сильно зависит отего привычки и очень заметна от города к городу, т.е. на чем народ привык в этом городе ездить исторически. Вот например наш город. основной поток ездит куда- в Тулу, ну и еще правда намного меньше в Москву. В Тулу вообще проблематично(дорого и медленно и повремени не удобно) добираться жд транспортом, поэтому все ездят на маршрутке. И когда этому человеку понадбится когда-то доехать ну скажем в Богородицк или Новомосковск, то он скорее выберет тоже маршрутку (потому что ему там все знакомо) нежели поезд. А вот есть город Лиски в Воронежской области (это от Воронежа 80 км) то там народ всегда ездил на электричках и в автобус ни кого не затащишь хоть он и стоит дешевле и идет быстрей. От туда даже в областной центр автобусы почти все по отменяли, потому что все ездят на электричках.

А как в Воронеже организовано маршрутное движение от станции Придача (на которую приходят большая часть поездов дальнего следования идущих через Воронеж)

а 104 маршрутка? забыли? маршрут довольно часто ходит. В 9 вечера реально уехать. Да и по классификации станция Придача — грузовая. Обслуживает в основном Воронежсинтезкаучук, Шинный завод, ВАСО (Авиазавод), ВОГРЭС и т.д. А вот от главного вокзала Воронеж-1 в любой конец уедешь.